Надежное функционирование автомойки и соблюдение необходимых санитарно-гигиенических стандартов напрямую зависят от регулярности и качества очистки выгребных ям и сточных вод. Частота очистки определяется производительностью мойки и объемом сточных резервуаров, но должна проводиться не реже одного раза в три месяца.

Удаление осадка, образующегося в ходе работы автомоек, критически важно для предотвращения попадания нефтесодержащих веществ и химических реагентов в городскую канализацию. Кроме того, в осадках содержатся песок и ил, которые могут повредить насосные станции очистных сооружений, установленные на мойке.